Taman Nasional Kepulauan Seribu terletak di Laut Jawa, sekitar 45 kilometer sebelah utara Kota Jakarta. Secara geografis, kawasan ini berada pada koordinat 5°24’ hingga 5°45’ Lintang Selatan dan 106°25’ hingga 106°40’ Bujur Timur, mencakup wilayah administratif Kabupaten Kepulauan Seribu, khususnya Kecamatan Kepulauan Seribu Utara yang meliputi kelurahan seperti Pulau Panggang, Pulau Kelapa, dan Pulau Harapan. Total luasnya mencapai sekitar 107.489 hektare, dengan sebagian besar berupa perairan laut (107.489 ha) dan daratan kecil hanya 39,5 hektare, terutama di Pulau Penjaliran Barat dan Timur. Kawasan ini terdiri dari gugusan pulau-pulau kecil, atol, dan terumbu karang yang membentang di perairan dangkal dengan kedalaman rata-rata 1 hingga 20 meter.
Ekosistem di Taman Nasional Kepulauan Seribu sangat beragam dan saling terkait, membentuk sistem ekologis yang kuat. Tiga ekosistem utama meliputi hutan pantai, hutan mangrove, padang lamun, dan terumbu karang jenis fringing reef yang mendominasi. Hutan mangrove berfungsi sebagai penyangga pantai dan penyaring polutan, sementara padang lamun dan terumbu karang menjadi habitat utama bagi kehidupan laut.
Kawasan ini kaya akan tumbuhan khas pesisir, seperti pandan laut (Pandanus tectorius), butun (Barringtonia asiatica), cemara laut (Casuarina equisetifolia), mengkudu (Morinda citrifolia), ketapang (Terminalia catappa), dan seruni (Wedelia biflora). Terdapat 15 jenis mangrove sejati, dengan Rhizophora stylosa sebagai yang dominan, serta 7 jenis lamun dan 18 jenis alga (9 hijau, 3 coklat, dan 6 merah). Flora ini tidak hanya mendukung keanekaragaman hayati, tetapi juga berperan dalam mitigasi perubahan iklim dengan menyerap karbon.
Keanekaragaman fauna laut mencakup spesies yang dilindungi seperti penyu sisik (Eretmochelys imbricata) dan penyu hijau (Chelonia mydas), yang sering bertelur di zona inti. Ikan hias seperti kepe-kepe (Chaetodon spp.) dan ikan serinding (Pomacanthus spp.), serta ikan konsumsi seperti baronang (Siganus spp.) dan tenggiri (Scomberomorus spp.) melimpah di sini. Selain itu, ada moluska seperti kima raksasa (Tridacna gigas), crustacea (kepiting dan udang karang), echinodermata (bintang laut dan teripang), mamalia laut seperti lumba-lumba hidung botol (Tursiops truncatus), dan burung laut seperti camar (Laridae).
Selain konservasi, kawasan ini menawarkan wisata bahari yang menarik, dengan 26 spot menyelam dan snorkeling, memancing, serta resort di sekitar 20 pulau. Pengunjung bisa menyaksikan pelepasan penyu, menikmati pantai berpasir putih, atau menjelajahi hutan bakau. Destinasi populer termasuk Pulau Pramuka sebagai pusat administrasi, Pulau Tidung untuk pantai indah, dan Pulau Harapan untuk alam bawah laut alami. Wisata edukasi tentang habitat flora dan fauna juga tersedia, membuatnya ideal untuk keluarga atau peneliti.
