Salah satu pilar utama program TNKpS adalah pemulihan habitat alami. Program rehabilitasi terumbu karang dan mangrove menjadi prioritas, terutama untuk mengatasi dampak pencemaran dari Teluk Jakarta. Pada 2025. Kegiatan seperti transplantasi karang dan penanaman mangrove dilakukan secara rutin, bekerja sama dengan organisasi seperti Indonesia Re dan komunitas lokal. Misalnya, penanaman mangrove di pantai-pantai pulau membantu mengurangi erosi dan menyerap karbon, sementara transplantasi karang mendukung kehidupan ikan dan biota laut lainnya. Program ini juga mencakup pelepasan tukik penyu, dengan ratusan tukik dilepaskan setiap tahun untuk meningkatkan populasi penyu sisik dan hijau yang terancam punah.

Selain itu, ada inisiatif pengumpulan sampah laut yang melibatkan ribuan kilogram limbah plastik setiap tahunnya. Pertamina Port Logistics, misalnya, aktif dalam membersihkan perairan, yang tidak hanya membersihkan lingkungan tapi juga mendidik masyarakat tentang bahaya sampah plastik. Workshop pembuatan aksesoris dari sampah daur ulang menjadi bagian kreatif dari program ini, mengubah masalah menjadi peluang ekonomi bagi warga pulau.